El molino Ondarre estuvo situado en el centro urbano de Bermeo.
Se localizaba al oeste del huerto del convento de San Frantzisko. Según se menciona en un documento de 1862 disponía de dos ejes de molino. Se valía de las aguas de los ríos Artikerreka y Aranondo que, una vez unidos los dos, se dirigían sus aguas al molino mediante un calce que iba por la calle Erregiñazubi: "El molino hace uso de las aguas de los ríos Artigas y Aranondo para cuyo aprovechamiento tiene construido un cauce para la consecución de aguas del primero de dhos rios a contar desde el molino llamado Achuaren (quiere decir Utzuene), situado aguas arriba en una distancia de 627 m atravesando terreno público y varias propiedades particulares. La presa para el salto del agua se halla a una distancia de 420 m aguas arriba a contar desde el citado molino Achuaren (Utzuene), perteneciendo por mtd. al molino Achuaren (Utzuene) y al de Ondarra. En menor cantidad toma también agua del río Aranondo, a 427 m. de distancia en las proximidades da la huerta de Esteban de Ibarraran, conduciéndola por un cauce que se une con el antes reseñado para las aguas del río Artigas a los 40 m aguas abajo del punto de toma (...) corriendo después unidas las aguas de ambos rios hasta el molino".
Las referencias a este molino son muy tempranas. A partir de los siglos XVI y XVII aparece mencionado en documentos que relacionan Bermeo con las anteiglesias. En la ejecutoria de 1578 el molino de Ondarre quedo en manos de la anteiglesia de Busturia; quedo, por tanto, fuera de la jurisdicción de Bermeo.
Y así, en 1629, aparece mencionado como molino de Busturia. En la ejecutoria de ese año vuelve a manos de Bermeo.
Este molino, en los siglos XVII y XVIII, perteneció al Duque de Ciudad Real. A mediados del siglo XX pasaron a manos de la familia Zaldunbide hasta que Julián Atela lo compró.
Cerró en 1968 y en ese momento dispuso de tres ejes de molino.
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