Urdaibai, por su situación, presenta un clima templado oceánico. Las diferencias extremas de las temperaturas en verano y en invierno se amortiguan por efecto de tampón térmico que tiene el Mar Cántabrico y el Oceáno Atlántico. De este modo, los inviernos no son fríos (escasez relativa de heladas) y los veranos, excepto cuando hay viento sur, son poco calurosos. Las precipitaciones son copiosas y estan bien repartidas a lo largo del año. Y, todo ello, tendrá su reflejo en la vegetación, en el poblamiento y en las actividades humanas.
La Reserva de la Biosfera de Urdaibai (43º 19’ Norte y 2º 40’ Oeste), por su situación en el golfo de Bizkaia, presenta en general un clima templado oceánico. Las diferencias extremas de las temperaturas en verano y en invierno se amortiguan por el efecto suavizante térmico que produce el mar, debido fundamentalmente a un ramal de la corriente cálida del golfo de México que se desplaza hasta las costas occidentales de Europa y el Atlántico Norte. En consecuencia, la diferencia entre las temperaturas máximas del verano y la mínima del invierno suele ser un poco menor de 10ºC, al igual que ocurre entre las temperaturas extremas del día y la noche, que también suelen ofrecer una oscilación reducida. De este modo, los inviernos no son fríos (escasez relativa de heladas), sino más bien templados, y los veranos son poco calurosos, excepto cuando hay viento sur, en que se suelen producir picos térmicos excepcionales que duran unos pocos días. Las precipitaciones son copiosas y están bien repartidas a lo largo del año, como corresponde a un clima oceánico. No obstante, el matiz templado de este clima (debido a su ubicación en el sur de Europa) provoca que los máximos de pluviosidad se registren en otoño y primavera. Este máximo desdoblado es una característica pluviométrica típica de los climas mediterráneos, cuya influencia afecta en una u otra medida a toda la península Ibérica y áreas del sur de Europa.
No obstante, estas características generales del clima de Urdaibai, conocen una amplia gama de matices debido, fundamentalmente, a la orografía accidentada de esta Reserva de la Biosfera. Así, es frecuente que las temperaturas más suaves se produzcan en Bermeo, que une a su localización en la misma costa, el abrigo que le otorga el monte Sollube de los vientos húmedos dominantes del Oeste. Así, la nieve es un fenómeno raramente presente en la villa marinera, incluso cuando afecta a otras áreas de Urdaibai y del golfo de Bizkaia en general (cuando queda bajo la influencia del anticiclón frío y húmedo de las Islas Británicas, que se desplaza ocasionalmente hacia el sur). En cambio, localidades como Nabarniz suelen verse cubiertas de nieve algunos días al año, debido a su altitud y a su ubicación en un espacio abierto, a pesar de su reducida distancia a la costa. Por otro lado, las heladas son raras en la costa (Bermeo, Mundaka, Busturia, Ibarrangelu o Elantxobe), en tanto que menudean en los días más fríos del invierno a pocos kilómetros hacia el interior (sobre todo en áreas de Muxika, Mendata e incluso Arratzu). Esta variabilidad afecta, aunque en menor medida, a la distribución de la pluviosidad. Los vientos húmedos dominantes son del noroeste (NW), que impactan más de lleno en la margen derecha de la ría y penetran sin obstáculo en valles como el de Basondo-Oma (Kortezubi); en tanto que las áreas de la margen izquierda encuentran una relativa protección en los cordales montañosos que tienen a sus espaldas.
En suma, las características climáticas genéricas de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai debidas a su ubicación, se ven matizadas por una serie de factores orográficos (altitud, orientación de los valles, distancia a la mar…), que, a su vez, generan una variabilidad de microclimas y matices que influyen –no determinan– tanto en aspectos naturales (vegetación natural), como en otros (desarrollo histórico de los hábitats humanos en los espacios más protegidos).
A los factores naturales habría que añadir la influencia térmica de la acción humana, que suele suponer una elevación media de uno o dos grados sobre su entorno en las villas de Gernika-Lumo y Bermeo.
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