La cuenca del río Oka presenta una superficie aproximada de 132 km2, con una dirección preferente norte-sur. El eje principal, de unos 14 km de longitud, reúne aguas que tienen su nacimiento en los montes Oiz (1029 m), Arburu (552 m) y Bizkargi (564 m) y que se unen en las proximidades de Zugaztieta (Muxika) dando lugar al cauce principal, que discurre hasta Muxika por un cauce pedregoso provisto de pequeñas cascadas. A partir de Muxika el río, de escasa pendiente, se hace más lento y meandriforme, recibiendo en las proximidades de Gernika-Lumo a su principal afluente, el arroyo Berrekondo, de unos 9 km de longitud, que nace en Oiz. Otros arroyos importantes son el Ugarte de Muxika y el Mikiene de Gernika-Lumo, ambos tributarios al Oka por su izquierda. Tributarios directos al estuario son los ríos Mape y Artika, que nacen en Sollube (686 m), el río Laga que nace en las faldas del Armendua (386 m) y el Golako, este último de 15 km de longitud, tantos como el Oka, y que nace en el Oiz. En el Illuntzar (727 m) nacen varios tributarios del Golako como el Uarka y el Gastiburu y también el río Oma. Este río desaparece en los terrenos kársticos del barrio Oma de Kortezubi, donde se pueden observar dolinas por las que asoma el río, que aparece de nuevo en Ereñozar para discurrir de forma continua hasta su desembocadura en el estuario.
En general, los cursos de agua que vierten a esta cuenca se originan en tramos de calizas arenosas, atravesando posteriormente sustratos calcáreos y terrenos aluviales bordeados por tramos de arcillas, yesos y basaltos.
Los ríos son el agente erosivo más importante de Urdaibai. Desde hace más de dos millones de años, durante el periodo Cuaternario, han sido los principales diseñadores del paisaje interior de la comarca. Los ríos cantábricos, por ser cortos y de acusada pendiente, muestran tan sólo dos de los tres estadios típicos de todo río, estos es, poseen un tramo alto por el que se precipitan en torrenteras y cascadas desde su nacimiento, y un tramo medio en el que el caudal se estabiliza disminuyendo la pendiente del cauce. El tramo final, en el cual los ríos ralentizan sus aguas y forman meandros, es corto e incluso inexistente, como ocurre en la cuenca del río Artika, en las que todos los ríos desembocan en el mar sin remansar sus aguas.
Los ríos de Urdaibai se caracterizan por poseer un tramo juvenil o alto bien diferenciado en el que se comportan como arroyos de caudal irregular, secos tras una época de estiaje, o con aspecto torrencial después de una lluvia intensa. En estas ocasiones desarrollan un trabajo erosivo considerable a pesar de su exiguo contenido, transportando bloques de roca y cantos rodados. Si el caudal es estable y la conservación del cauce y las riberas adecuada, las aguas se mantienen frescas y saturadas en oxígeno debido a la alta aireación y la buena cobertura arbórea de los valles encajados por los que discurre.
El arraigo de planta y fauna fluviales están dificultadas por la fuerte corriente. Cuando el perfil se suaviza, se dan condiciones óptimas para que mejore la diversidad. En relación directa con la calidad del medio viven comunidades de insectos, constituidas entre otros por efémeras, plecópteros, frigáneas, etc. Las larvas de algunas de éstas construyen pequeños estuches o habitáculos con fragmentos de madera, hierbas, conchas o gravilla. Adaptadas a resistir el arrastre de la corriente gracias a sus formas aplastadas y sus mecanismos de fijación a las rocas, las larvas subacuáticas de insectos son el alimento preferido del mirlo acuático europeo (Cinclus cinclus), un ave exclusiva de riachuelos limpios en los que caza caminando bajo el agua contra la corriente. Otra ave característica de estos arroyos, la lavandera cascadeña (Motacilla cinerea), captura al vuelo insectos adultos de vida aérea, que constituyen su alimento imprescindible.
También proliferan otros insectos como son los escarabajos distícidos (Dytiscus marginalis por ejemplo) y élmidos (Epeorus torrentium, Riolus illiesi, Elmis aenea…), así como numerosos invertebrados de vida ligada a los cursos de aguas continentales, tales como la lapa de río Ancylastrum fluviatile y el gasterópodo Theodoxus fluviatilis, crustáceos anfípodos como las pulgas de río (Echinogammarus sp.), o las sanguijuelas (Haemopis sanguisuga, Erpodella octoculata…) parásitos de ranas y peces. Dentro de los insectos, merece una mención especial la libélula Oxygastra curtisii, ya que se ha detectado en Urdaibai la existencia de la única población estable de esta especie en todo el territorio del País Vasco, concretamente en una zona encharcada en el término municipal de Ajangiz. Dicho esto, nos percatamos de la vulnerabilidad de esta especie, en vista de lo limitado de su población. Por ello, esta especie de libélula está altamente protegida en el conjunto de Europa, siendo necesarias acciones y compromisos específicos dirigidos a su protección. Otro invertebrado terrestre de interés es el caracol Elona quimperiana, que habita comúnmente zonas húmedas como las entradas de cuevas y simas.
Un interesante invertebrado presente en determinadas cabeceras fluviales de Urdaibai es el cangrejo de río autóctono (Austropotamobius pallipes). Este cangrejo, común hasta el último tercio del siglo XX en los ríos de aguas limpias, desgraciadamente, se encuentra en peligro de extinción. En las últimas décadas esta especie ha desaparecido de la mayoría de los ríos de Euskadi por diversas causas, entre las que destacan una presión desmesurada de la pesca y la degradación de los ecosistemas fluviales. Pero la principal causa de extinción ha sido el contagio de una enfermedad letal, la afanomicosis. Esta enfermedad es causada por un hongo conocido como Aphanomyces astaci y que se transmite a través de otras especies de cangrejos exóticos soltados en nuestros ríos sin control, en concreto el cangrejo rojo de río americano (Procambarus clarkii) y el cangrejo señal (Pacifastacus leniusculus). En Urdaibai la situación no difiere demasiado del resto y el cangrejo de río también se encuentra en un estado crítico, como han demostrado los estudios realizados en 2004.
Los ríos y riberas son el hábitat idóneo para los anfibios, la mayoría de los cuales poseen una fase larvaria de vida acuática. En los riachuelos bien conservados de Urdaibai es común observar a comienzos de primavera las puestas de huevos y posteriormente la proliferación de renacuajos. Se han detectado 9 especies de anfibios, aunque no existe ningún estudio específico sobre este grupo de vertebrados. Entre las especies residentes encontramos formas tan comunes como la rana común (Rana perezi), el sapo común (Bufo bufo) o el sapo partero común (Alytes obstetricans). Cabe destacar la existencia de una población de rana patilarga (Rana iberica) en Busturia, cuya densidad en Urdaibai es la más elevada de las tres poblaciones principales conocidas en la CAV en el 2007. Sin embargo, esta población se ve amenazada, puesto que los trabajos de extracción forestal entorno al río en el que habita, sobre todo la apertura de nuevas pistas forestales y el método de tala a matarrasa, originan movimientos de tierra que acaban colmatando los ríos de barro. La rana patilarga (Rana iberica) es una especie escasa en la CAV, siendo las poblaciones más estables y abundantes la citada de Urdaibai y sendas poblaciones en el valle de Karrantza y Gorbeialde. El aislamiento de estas poblaciones se observa no solo a nivel de las tres poblaciones vascas sino que también respecto a otras poblaciones peninsulares debido a que Euskadi se encuentra en un extremo dentro del área de distribución de la especie. Otros anfibios que habitan en Urdaibai son la rana bermeja (Rana temporaria), la ranita de San Antonio (Hyla molleri), la salamandra (Salamandra salamandra), el tritón palmeado (Lissotriton helveticus) y el tritón jaspeado (Triturus marmoratus).
La comunidad de reptiles no es muy amplia en Urdaibai, pero no por ello hay que restarle importancia. En cuanto a las tortugas (del orden de los quelonios), en Urdaibai encontramos especies de agua dulce llamados galápagos. Los estudios realizados ponen de manifiesto la escasez de este grupo de animales, en vista de que en 2006 solamente se encontró un único ejemplar del galápago europeo autóctono (Emys orbicularis). De todos modos, este ejemplar se localizó fuera del agua, por lo que se cree que era una hembra que se disponía a desovar, lo que al parecer prueba la existencia de una pequeña población de la especie. En Urdaibai también habitan especies foráneas, como el galápago leproso (Mauremys leprosa), posiblemente introducido de individuos procedentes de la vertiente mediterránea de la península, y el galápago americano (Trachemys scripta). Esta última especie es vendida extensamente como mascota, siendo posteriormente liberada en ríos y embalses una vez alcanzan un gran tamaño, convirtiéndose en un grave problema para las especies anteriores.
Entre los reptiles habitantes de los ríos de Urdaibai destacan las culebras de collar (Natrix natrix), la culebra viperina (Natrix maura) e incluso, la lagartija de turbera (Lacerta vivipara), que encuentran en el bosque húmedo de ribera el refugio adecuado. En tramos de caudal estable aparece una fauna piscícola característica, integrada por el piscardo (Phoxinus phoxinus), sin duda el pez más común, y la trucha común (Salmo trutta), cuyos alevines captura zambulléndose en picado el martín pescador (Alcedo atthis), especies típicas ambas de riachuelos bien conservados.
La comunidad vegetal ligada a los cursos de agua forma un bosque en galería dominado por el aliso. Los bosques de alisos (Alnus glutinosa) se desarrollan en las orillas de ríos, sobre suelos casi permanentemente encharcados, embebidos en agua y carentes de oxígeno disuelto. Estas condiciones resultan muy favorables para las plantas, y otros organismos, que requieren mucha agua en el suelo, pero no lo son para aquellas que necesitan un suelo oxigenado o prefieren condiciones de mayor sequedad. Además, la materia orgánica que se deposita en el suelo, habrá de descomponerse por vía reductora en vez de la oxidante, lo que favorece la formación de turba, o masa de materia orgánica a medio descomponer, que tiende a acumularse en el suelo por las condiciones de estancamiento. Esto da lugar a un síndrome edáfico particular conocido como hidromorfía. Además, la acción mecánica de la corriente del agua arrastra los elementos acumulados sobre el suelo y causa una renovación de muchos componentes superficiales, arrastrando algunos de los que había antes y depositando nuevos, en una renovación episódica que mantiene un equilibrio dinámico en el ecosistema de la aliseda. La corriente, además, es un elemento fundamental en la dispersión de los propágulos de numerosas especies, que viajan arrastradas por ella río abajo, como es el caso del propio aliso (Alnus glutinosa) o los sauces (Salix atrocinerea).
La aliseda pertenece a la asociación Hyperico androsaemi-Alnetum glutinosae, y es un bosque intrincado y espeso, lo que motiva su carácter sombrío. Esta oscuridad del sotobosque se ve mitigada por su disposición en forma de galería a lo largo de las orillas de los ríos, lo que determina su apertura a la luz por el lado de la corriente, causando una asimetría transversal entre el costado del río, más luminoso, frente al opuesto, cerrado por el bosque adyacente. En los cursos de agua encajados existe un incremento extra de sombra. Debido a la angostura de algunos de los valles, la aliseda apenas alcanza una anchura de una o dos filas de alisos en la mayoría de los casos. El dosel arbóreo, que está formado casi en exclusiva por alisos, con algún fresno (Fraxinus excelsior) y algún sauce (Salix atrocinerea), es denso. El aliso (Alnus glutinosa), como especie muy exigente en humedad del suelo pero capaz de vivir en substratos que pueden ser muy pobres en nutrientes, establece una asociación simbiótica con una bacteria del género Actinomyces capaz de fijar nitrógeno atmosférico (una habilidad que pocos organismos son capaces de hacer), desarrollando unas tumoraciones o nódulos en las raíces. Con ellos el aliso, en combinación con su asociado, fija el nitrógeno que necesita para desarrollarse él mismo y para enriquecer el suelo del bosque de este valioso nutriente. Los estratos subarbóreos están desarrollados con profusión a causa de la abundancia en agua y nutrientes del suelo sobre el que vive la aliseda.
El elemento arbustivo es numeroso y abundante, con muchas especies espinosas que hacen penoso el tránsito por ella. Está formado por el cornejo (Cornus sanguinea), el avellano (Corylus avellana) (especialmente abundante en la variante de barrancos calizos), espino albar (Crataegus monogyna), bonetero (Euonymus europaeus), aligustre (Ligustrum vulgare), espino negro (Prunus spinosa), zarzamora (Rubus ulmifolius), saúco (Sambucus nigra), etc. Otros como el arraclán (Frangula alnus) son especialmente frecuentes en la variante de barrancos silíceos.
Las lianas son también muy abundantes, predominando las de hoja caduca, que enmarañan cada primavera las riberas, tales como la nueza negra (Tamus communis), la clemátide (Clematis vitalba), si bien también es abundante la hiedra común (Hedera helix), de carácter perenne, y más escaso el lúpulo (Humulus lupulus).
Por debajo, hay un rico estrato herbáceo en el que destacan los cárices gigantes y numerosos helechos, entre muchas otras especies. En él intervienen algunas de las especies genuinas de la aliseda, como los cárices Carex pendula o Carex remota, Circaea lutetiana, Festuca gigantea, Myosotis lamottiana o Silene dioica. Otras especies de mayor amplitud ecológica son Ajuga reptans, Athyrium filix-femina, Brachypodium sylvaticum, Carex sylvatica, Dryopteris affinis, Dryopteris borreri, Euphorbia amygdaloides, Geranium robertianum, Hypericum androsaemum, Lamium galeobdolon, Lathraea clandestina, Lysimachia nemorum, Oxalis acetosella, Phyllitis scolopendrium, Polystichum setiferum, Potentilla sterilis, Stellaria holostea, Viola reichenbachiana, etc. En las alisedas de las zonas costeras donde los fríos invernales se atenúan notablemente, hay algunos helechos de gran tamaño que se refugian en las húmedas frondosidades de estos bosques. Es el caso de Woodwardia radicans y del helecho real (Osmunda regalis), presentes con diferente abundancia y frecuencia en las alisedas de Urdaibai.
En aquellos lugares con rocas empapadas, lodazales de arroyos encajados, manantiales y rezumos, que se dan sobre sustratos silícicos, rehuyendo de la incidencia directa de los rayos solares podemos encontrar delicadas hierbas de pequeña y mediana talla. Las tres especies más frecuentes son: Chrysosplenium oppositifolium, Saxifraga hirsuta (que también viven en lugares húmedos y sombríos sobre sustrato calizo), y Cardamnine raphanifolia.
En laderas o collados con sustrato ácido, generalmente areniscas, y suelo muy húmedos o encharcados no es raro encontrar agrupaciones vegetales correspondientes a turberas como los musgos del género Sphagnum o a juncales acidófilos. Sin embargo, es mucho más fácil observar los pastizales-juncales constituidos por diferentes juncos de diferentes especies (Juncus spp.) y por diferentes especies pratenses como Molinia caerulea, Succisa pratensis, Holcus lannatus…
Las alisedas tienen una flora fúngica, en parte compartida con los robledales, y por otro lado unas especies propias, como son las colmenillas (Morchella esculenta y Morchella umbrina), Gyrodon lividus, Lactarius cyathuliformis, Lactarius lilacinus, Paxillus rubicundulus, Sarcoscypha coccinea y Sarcoscypha austriaca, entre otras. Históricamente, las riberas de los ríos han sido gravemente alteradas por la acción humana (vertidos, canalizaciones, prácticas agrarias y forestales incontroladas, etc.), por ello las especies fúngicas asociadas a este ecosistema se encuentran muy amenazadas.
Tras la desaparición de la aliseda cantábrica se suele instalar una sauceda con fresnos (Fraxinus excelsior), saúcos (Sambucus nigra) y numerosas zarzas (Rubus spp.), que se pueden considerar como una versión degradada de la misma aliseda y constituye su orla o manto forestal. Es posible reconocer esta vegetación en las riberas de los ríos en las que la aliseda ha sido destruida y luego ha se ha producido un abandono.
Si la alteración persiste se instala un conjunto de comunidades herbáceas de distinto aspecto y composición dependiendo de las condiciones locales que propicie el ser humano. Así, podemos encontrar desde prados de siega como los de la serie del robledal mesolítico, hasta juncales de Juncus conglomeratus y Juncus effusus, comunidades megafórbicas con Angelica sylvestris, Eupatorium cannabinum o Filipendula ulmaria, comunidades con juncos y mentas (Juncus inflexus, Mentha aquatica, Mentha suaveolens) o de colas de caballo (Equisetum telmateia). El que haya una u otra comunidad dependerá del manejo que haya hecho el ser humano: grado de pastoreo, de nitrificación, de pisoteo, etc.
Entre los mamíferos habitantes de los riachuelos con buena cobertura arbórea está presente en Urdaibai el musgaño patiblanco (Neomys fodiens), una musaraña que, gracias a producir un ungüento con el que impermeabiliza su piel, desarrolla un modo de vida anfibio alimentándose de invertebrados. Un interesante mustélido típico de las riberas de Urdaibai es el visón europeo (Mustela lutreola). Su hábito nocturno y su sagacidad le hacen difícil de observar. Se alimenta de anfibios, pequeños mamíferos, aves y peces. Uno de sus refugios más importantes es Urdaibai. Esta especie está catalogada “en peligro de extinción” en la CAV, debido a que diversos factores afectan a su supervivencia. Es bien sabida la mala situación de los ríos del territorio, no sólo debido a la contaminación, sino en especial a causa de los grandes cambios que han sufrido los cauces a consecuencia de las canalizaciones, carreteras y otras obras de urbanización. Asimismo, las carreteras constituyen otro gran peligro, porque muchos animales mueren atropellados en ellas. Finalmente, y por si esto fuera poco, existe otra amenaza de diferente índole aunque de una gravedad incluso superior. En 2003 se detecta la aparición de un competidor foráneo, el visón americano (Mustela vison). Esta última especie de visón suele criarse en granjas con fines peleteros, en los cuales se han dado en ocasiones fugas o sueltas descontroladas de individuos que han acabado formando poblaciones silvestres estables. Puesto que ambas especies de visón tienen requerimientos similares, la competencia directa existente entre ambas ha perjudicado al más pequeño de ellas, el visón europeo, y en consecuencia su supervivencia se ve amenazada a corto y medio plazo. Aunque en Urdaibai el número de visones americanos no era demasiado elevado, existe una población estable y más numerosa en el cercano río Lea que constituye una gran amenaza en vista de que en cualquier momento nuevos individuos puedan colonizar la cuenca del río Oka.
En el tramo del río la pendiente del terreno disminuye, y el flujo se ralentiza, apareciendo los primeros remansos con arenas y gravas en la orilla. El río madura y se estabiliza. Se desarrollan aquí comunidades de especies adaptadas a las aguas someras, en las que la temperatura puede ascender por la mayor insolación, y la concentración de oxígeno disminuye al faltar la renovación.
La mayor parte de los ríos de Urdaibai discurren por cauces de carácter alto y medio. Gozan de caudales exiguos, en los que las abundantes lluvias suplen la escasa superficie de la cuenca y su gran capacidad de desagüe. La precaria estabilidad de estos ríos de poco caudal no permite la aparición de comunidades complejas; no obstante presentan alta diversidad en aquellos tramos que están bien conservados. Poseen aspecto de tramos medios entre otros el río Golako a su paso por Olabe (Mendata) y Loiola (Arratzu), el arroyo Berroiako en Muxika o el Berrekondo en Mendata, y también el río Laga a partir de Ibaeta (Ibarrangelu).
Habitan en ellos plantas comunes que prefieren los márgenes permanentemente encharcados, como la menta acuática (Mentha aquatica), el berro (Nasturtium officinale), el apio bastardo (Apium nodiflorum) y otras más esporádicas Callitriche palustris, flotante, Equisetum fluviatile… Son raros en Urdaibai los potamogetos Potamogetum crispus, cuyas hojas flotan en la superficie de los remansos mas estables. En la cubierta arbórea, dominada por el aliso (Alnus glutinosa), aparecen especies ausentes en tramos altos como el sauce blanco (Salix alba). En bordes de caminos junto al río abundan plantas nitrófilas tales como la ortiga común (Urtica dioica), ortiga fétida (Lamium maculatum) y Alliaria petiolata.
Además de las aves exclusivas de ríos bien conservados, otras especies menos exigentes, presentes también en otros ámbitos, nidifican en las alisedas. Se trata en su mayor parte de las aves insectívoras de pequeño tamaño. Entre las especies típicas de los cursos de agua destaca el ruiseñor bastardo (Cettia cetti), que precisa un simple matorral al borde del cauce para nidificar; aunque es difícil de ver, su canto explosivo y repicante delata fácilmente su presencia mientras permanece oculto en la espesura. El río recibe además la visita de otros muchos animales de hábitats vecinos, que buscan aquí su refugio o un aporte extra de alimento. Es el caso de aves como la golondrina (Hirundo rustica) y el avión común (Delichon urbica), que surcan el río en vuelos rasantes para cazar insectos y beber, y usan el barro de las orillas para construir sus nidos. También el zorzal común (Turdus philomelos), que encuentra en los márgenes gusanos y caracoles de los que se alimenta. La gran garza real (Egretta garzetta) arponea con su pico peces, reptiles y anfibios, eligiendo siempre los rincones más tranquilos de los riachuelos. El andarríos chico (Actitis hypoleucos) es un limícola característico de los tramos fluviales medio y bajo. Recorre las riberas parcialmente cubiertas de vegetación, casi siempre en solitario, capturando entre las piedras insectos, crustáceos y moluscos.
La rata de agua (Arvicola sapidus) y el martín pescador (Alcedo atthis) comparten los taludes terrosos del borde del río y los diques de la marisma para construir sus habitáculos. La primera abre amplias galerías en la entrada sumergida para evitar a los depredadores. El martín pescador excava un túnel estrecho, a salvo de las crecidas del río.
En los pequeños remansos de los tramos medios proliferan los invertebrados, principalmente insectos, cuya diversidad aumenta con la estabilidad del río. Tricópteros (Hydropsyche pellucidula, Silo nigricornis…), dípteros (Tipula maxima, Culex pipiens…), odonatos (Cordulegaster boltonii, Calopteryx virgo…), plecóteros (Nemoura cinerea, Leuctra fusca…) y efímeras (Ephemerella ignita, Baetis rhodani…) revolotean sobre las aguas someras y entre la vegetación. Sus larvas y pupas de vida acuáticas esperan a que se complete su metamorfosis sobre las piedras del fondo o colgadas de la película superficial del agua. Apoyados sobre ellas gracias a sus largas patas ciliadas, los zapateros del género Gerris patrullan buscando presas.
Los principales hábitats fluviales se pueden clasificar dependiendo de la pendiente, factor que influye en las comunidades de peces existentes en cada tramo de río. De este modo, los tramos altos cercanos a los manantiales se caracterizan por poseer caudales bajos y variables y de carácter torrencial. En estas aguas la trucha (Salmo trutta), el piscardo (Phoxinus phoxinus) y la anguila de río (Anguilla anguilla) son las especies más abundantes. En los tramos medios y bajos, donde los ríos se ensanchan y sus aguas se calman, encontramos el barbo (Barbus graellsii), la madrilla (Chondrostoma toxostoma), la carpa dorada (Carassius auratus) y la mencionada anguila. En el caso de la trucha cabe destacar la pureza genética de los ejemplares que habitan en el río Oka. A consecuencia de la procedencia centroeuropea de las truchas que se sueltan para fomentar la pesca de esta especie en muchos ríos de Bizkaia, con frecuencia los haplotipos autóctonos estaban mezclados con los externos, aunque esto no ocurre en Urdaibai. Por tanto, solamente una buena gestión podrá garantizar los genotipos autóctonos.
En Urdaibai, tan solo presentan tramos de perfil maduro el río Oka a partir de Astelarra (Muxika), el Golako en Uarka y Barrutia (Arratzu) y el Olalde en Kortezubi. Sus cauces son casi horizontales y divagan por la base del valle formando meandros a través de una relativamente extensa llanura de inundación formada por depósitos de sedimentos en los últimos milenios de la Era Cuaternaria.
El paisaje sufre en este tramo una transformación natural. Los desbordamientos pueden provocar apertura de nuevos cauces, erosión de taludes, rotura de transitoria de la estructura de la vegetación espontánea e incluso procesos de decantación que rellenan las terrazas fluviales. El alcance de la marea transforma las comunidades de seres vivos. Desaparecen progresivamente las especies típicamente fluviales. Así ocurre en el Oka a partir de Gernika-Lumo y en el río Golako desde Barrutia.
Las alisedas continúan dominando el paisaje fluvial en los tramos bajos, si bien ahora proliferan especies propias de aguas estancadas, que en los tramos más anchos y expuestos al sol pueden formar grandes masas flotantes, como la lenteja de agua (Lemna minor o Lemna gibba), Groenlandia densa y la rara Zannichellia palustris. También crecen en las riberas permanentemente encharcadas Scrophularia auriculata, Cyperis longus, Veronica beccabunga y Glyceria declinata.
A medida que el agua se hace salobre por la influencia de la marea, la aliseda cede el terreno a especies marismeñas entre las que destaca el porte arbóreo del taray (Tamarix gallica). Entre la fauna mas destacable de los tramos bajos cabe reseñar a los peces tales como la platija (Platichthys flesus) abundante en los limos del fondo del la Ría; la lisa (Chelon labrosus), especie que se alimenta de los invertebrados y materia orgánica que ingiere con el fango del cauce. Ambas son especies adaptadas al cambio de la salinidad de las aguas. Al igual que el barbo común (Barbus bocagei) que habita sobre fondos arenosos y entre cantos rodados en el tramo final de la ría donde se deja sentir durante más tiempo la marea.
Por estar perfectamente adaptadas a la vida sobre los terrenos frecuentemente encharcados y lavados por la corriente, el aliso (Alnus glutinosa) y el resto de los invertebrados de los bosques húmedos en galería desempeñan un papel imprescindible en los valles cantábricos. Las raíces retienen los márgenes, evitando su erosión y estabilizando el cauce natural del río. Además cubren sus aguas para mantenerlas frescas, albergando una prolija comunidad biológica que a su vez garantiza la calidad de las aguas, imprescindibles para la vida de los valles.
Al igual que el resto de los bosques autóctonos, las alisedas han sufrido tradicionalmente las consecuencias del crecimiento y desarrollo de la actividad humana en las cuencas vascocantábricas. No ha podido ser de otro modo, ya que se asientan en los terrenos más llanos y fértiles de un territorio en el que el suelo horizontal escasea. Además la madera del aliso fue siempre apreciada por ser resistente a la inmersión, resultando de gran utilidad en la construcción de los caseríos y molinos de río y marea.
Ambas razones han determinado la casi total desaparición de los bosques en galería adultos, así como de su fauna característica. El ejemplo más claro lo constituye la extinción de la nutria en la comarca en las últimas décadas del siglo XX. En Urdaibai las alisedas bien conservadas se reducen a escasos enclaves de superficie muy reducida alrededor de la marisma en Zelaieta (Gautegiz Arteaga) y Barruatiabaso (Kortezubi), y en la ribera del Golako en Arrandieta y aguas abajo de Uarka (Arratzu) así como en Nafarrolak (Bermeo). Sin embargo la capacidad recolonizadota del aliso y su cohorte acompañante es considerable, por lo que son muy abundantes en todo el territorio de la Reserva de la Biosfera las etapas juveniles de degradación. Así resaltan en el paisaje alineaciones de alisos jóvenes en tramos fluviales bajos tales como los meandros del Oka en Gernika-Lumo y Ugarte en Muxika, o en el nacedero del arroyo Olalde (Kortezubi), del mismo modo que abundan los bosquetes en tramos altos tales como el arroyo Belendiz o el Telleria, así como en los Ajuria y Uroarro, que confluyen en Zugaztieta para formar el Oka.
Los tramos altos de los ríos de Urdaibai sufrieron a lo largo de la historia de los últimos siglos la deforestación derivada de la construcción de molinos, ferrerías, canales y caminos. Sin embargo, su deterioro tan sólo ha sido realmente significativo en los últimos 50 años. Las plantaciones de pino de Monterrey, pino marítimo y eucalipto se realizan desde el propio lecho fluvial tal y como ocurre por ejemplo en los tramos altos de los ríos Oxinbaltza y Mape en Busturia, o Madari en Bermeo. Degradan así las alisedas y robledales-fresnedas, desestabilizando el cauce y facilitando los desprendimientos y arrastres de ladera durante las crecidas.
Los tramos medios y bajo de los ríos de Urdaibai reciben gran cantidad de sedimentos y materia orgánica que provocan alta disponibilidad de nutrientes en el agua, proliferando los fenómenos de eutrofización de remansos. En estas condiciones resultan favorecidas especies vegetales comunes en los márgenes, tales como Veronica beccabunga y Callitriche stagnalis, y presentan alta densidad anfípodos como Echinogammarus berilloni y coleópteros acuáticos como Esollus paralelepipedus, junto a moluscos entre los que se encuentran bivalvos como Pisidium obtusale y P. milium, y gasterópodos como la lapa de río Ancylastrum fluviatile, Lymnaea truncatula, Theodoxus fluviatilis y Potamopyrus jenkisi, caracolillo éste que ha invadido en las últimas décadas las aguas continentales de Europa occidental. También habitan en los tramos medios con aporte de sedimentos peces como el piscardo (Phoxinus phoxinus) y el barbo (Barbus bocagei).
Desde que el ser humano cultiva la tierra y construye sus caseríos en Urdaibai, ha tratado de ocupar los terrenos más llanos de la comarca, por lo demás escasos y siempre sometidos a la influencia del río o la marea. Varios de sus núcleos rurales se hallan erigidos sobre el lecho de inundación. Es el caso de Zugaztieta, Oka, Astelarra y Areatza (Muxika) en las terrazas del Oka; Ugarte (Muxika) sobre el arroyo del mismo nombre, y Uarka, sobre el Golako y Loiola (Arratzu) en la confluencia de éste con el Txarkoeta,
Pero esta ocupación del lecho es más evidente aún en las dos villas que conforman el ámbito urbano de la comarca: Gernika-Lumo extiende hoy su paisaje industrial y residencial por la vega más fértil del río Oka desde la desembocadura del arroyo Paguko en Arana y el Berrekondo junto a su polígono industrial, hasta la del Golako en Errenteria. Bermeo por su parte ocupa la confluencia de la mayoría de los arroyos de su cuenca, desde el Artigas y el Berdentxa hasta el Landabaso.
Por otra parte han sido los fondos de los principales valles el emplazamiento más cómodo para las vías de comunicación en la comarca. Así tanto el ferrocarril Amorebieta-Gernika, como el eje principal de tráfico rodado, la carretera comarcal Amorebieta-Bermeo, discurren junto al río Oka y su tributario precursor el Uroarro. La carretera Gautegiz Arteaga-Laga por Ibarrangelu desplaza al río Laga desde Basetxetas (Gautegiz Arteaga) y su ampliación ha alterado drásticamente su cauce haciendo desaparecer las alisedas que lo acompañaban. La carretera Gernika.Nabarniz condiciona el lecho del río Uarka, afluente principal del Golako.
Estos riachuelos poseen una gran capacidad de inundación, reflejada en las últimas décadas con su periodicidad habitual. Tras las inundaciones de 1977, 1979, 1983… se intervinieron y en muchos casos canalizaron tramos medios y bajos de la mayor parte de los ríos de Urdaibai, siguiendo patrones que, como en Oka (Muxika) y Altamira (Busturia), o en Agirre y Lasturri (Ibarrangelu), distan mucho de lograr una recuperación del lecho natural del río. Los grandes bloques de los muros, construidos a modo de talud, impiden la recolonización de la vegetación ribereña. Además la profundización del cauce para aumentar su capacidad de vaciado puede rebajar el nivel freático de ciertos fondos de valle.
El río Oka y la cuenca hidrográfica del río Artika sufren desde hace décadas del pasado siglo XX problemas de contaminación en sus tramos finales, debido a los vertidos de residuos industriales realizados desde los polígonos industriales. El crecimiento de éstos en el pasado, carentes de la adecuada planificación del tratamiento de dichos residuos, dificulta hoy cualquier medida para atajar el problema. Las diversas empresas metalúrgicas y químicas asentadas en el polígono industrial de Gernika-Lumo han liberado concentraciones altas de metales pesados al estuario, acumulados en sus limos y seres vivos microfiltrantes, a través de los cuales pasan al resto de la red trófica. El conjunto de empresas conserveras radicadas en Bermeo vierten parte de sus aguas residuales, con altos porcentajes de residuos orgánicos y sin tratamiento, a los arroyos que hoy discurren bajo la Villa y desembocan en el puerto. Por su parte Gernika-Lumo cuenta con una de las dos estaciones depuradoras de aguas fecales de la comarca. Construida en los años 80 del siglo pasado, fue una de las primeras plantas de depuración de vertidos entre los municipios de Bizkaia. El crecimiento de esta Villa y su volumen de aguas consumido en la actualidad provocan una saturación. La otra estación depuradora de aguas residuales está en Ibarrangelu. Fue construida a inicios del siglo XXI y da servicio a ese municipio. Con la construcción de la red de alcantarillado comarcal y de la estación depuradora de aguas residuales también comarcal se va a dar una solución definitiva a este problema.
Los tramos fluviales receptores de vertidos procedentes de granjas y núcleos rurales sufren a menudo problemas de eutrofización que son resistidos por algunas plantas como la lenteja de agua, el apio, Groenlandia densa y Alisma lanceolatum, que con su proliferación denuncian la escasa calidad de estas aguas.
El sistema fluvial de Urdaibai está calificado como ZEC (Zona de Especial Conservación), siendo el único que se encuentra protegido en su totalidad dentro del la Comunidad Autónoma del País Vasco al formar parte de la Red Natura 2000.
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