Fuera de los límites de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai, pero pegada a ella, se localiza el Biotopo Protegido de Gaztelugatxe.
En la CAPV, a principios de 1990, se va creando en esos años una red de parques naturales terrestres que pretenden salvaguardar en cierta medida los ecosistemas más emblemáticos, los más diversos, los más amenazados o los de mayor valor natural y paisajístico.
En cambio, en el medio marino no existían todavía áreas donde proteger los ecosistemas más característicos de nuestra costa, exceptuando el estuario de Mundaka, dentro de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai. Existían ideas o proyectos para la protección de diversas áreas de marisma, pero no en la costa abierta. Por ello, la entonces Dirección de Investigación y Ordenación del Medio Natural del Gobierno Vasco aborda los estudios pertinentes sobre la zona de San Juan de Gaztelugatxe con el fin de proporcionar las bases técnicas necesarias para su declaración como biotopo marino protegido, dando lugar a la primera reserva de estas características de Euskadi, creada finalmente mediante Decreto 229/ 1998, de 15 de septiembre (BOPV de 2 de octubre de 1998).
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