Los restos del alcázar se localizan en la cumbre del monte Zarragoiti (Zarragoitxi en el habla local), un punto fundamental para la vigilancia de los accesos del camino que, desde Gernika-Lumo, llegaba a la villa. Entre el alcázar y la parte vieja cruza el río Artza que viene desde Sollube y Almike y se dirige hacía la bahía del Artza. Actualmente, la ladera del monte soporta gran cantidad de casas y en la ladera norte, en terreno del alcázar, hay huertas y campas. Las demás laderas están cubiertas de bosque y zarzas.
El alcázar, por tanto, se ubica en una zona de difícil acceso, culminando empinadas laderas y con un precipicio en la ladera sur, lo cual hace pensar que, al igual que en el castillo de Gaztelugatxe, serían innecesarias tanto grandes instalaciones defensivas como la existencia de foso. En el lado sur no se construyó ningún muro. Las evidencias arqueológicas se limitan a uno pequeños muros de piedra muy ocultos por la vegetación. Estos muros describen una planta rectangular con más de diez metros de lado.
Algunos investigadores, mencionan la existencia de pequeñas murallas. En 1958 Javier Ybarra Bergé hablaba sobre la existencia de unas murallas que parecían sujetar la tierra y en 1928, según Anjel Zabala Otzamiz-Tremoia, los restos aparecidos en Bermeo, por ejemplo las murallas que sujetan la tierra, podrían corresponder a los restos antiguos.
En la cumbre no se observa ninguna pared y la zona superior al estar cubierta de bosque y zarzas dificulta su observación. Aún y todo, en algunas zonas, se puede ver su sustrato rocoso. Es destacable, además, que el posible perímetro del alcázar en su zona norte y este presenta gran pendiente y hondonadas.
En la ladera norte de la cumbre, en la parte trasera de las últimas casas de la calle Zarragoiti hay un muro de unos 100 metros de longitud sujetando la tierra. Éste corresponde a la muralla del alcázar y probablemente fuera su cercado inferior, es decir, el cercado de la zona noroeste. En más de una zona se le ha añadido muros de cemento. En toda su longitud se pueden observar diversas fuertes torres pegadas a la muralla, algunas prismáticas y otras cilíndricas. Por lo menos hay seis torres, pero en las zonas en la que la hiedra ha crecido mucho probablemente haya más. En el ángulo oeste, más allá de la última torre, hay zarzas y posiblemente ahí haya alguna más.
En la ladera sureste se sitúa la ermita de Kurtzio. En la parte superior de ese barrio se observan más murallas, aunque parece que no corresponden a las del alcázar. Si bien habría que llevar a cabo un estudio arqueológico para comprobarlo.
Según Zabala Otzamiz-Tremoia, el Alcázar de Bermeo no se hallaría en esa zona, sino en el centro de la villa, en el solar donde, derruido el alcázar, se levantó el denominado Palacio del Conde Baños.
Las murallas, trascendiendo la corporeidad de la piedra, se levantaron como auténticos símbolos del derecho escrito vecinal frente a la costumbre oral. Sin embargo, no hemos de olvidar el carácter defensivo y militar de las mismas. En el caso de Bermeo, será en 1334 cuando reciba la Albada real para poder levantar cerco de murallas; coincidiendo en el tiempo con una acentuación de la conflictividad banderiza. El monarca Alfonso XI otorgó en esa Albala que la Prebostad de la Villa diese anualmente al Concejo 2.000 maravedíes durante cinco años para la construcción de la muralla. La edificación de las murallas supuso una labor de décadas pues, aún en 1353, el conde Don Tello, Señor de Vizcaya, donaba las piedras del antiguo alcázar para finalizar las obras de la muralla.
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