La Iglesia de Santa María de la Atalaya fue durante siglos una de las construcciones emblemáticas de Bermeo. Su ubicación en la zona más alta de la Villa, sobre el acantilado, hacia su estampa visible desde el mar, presidiendo y guiando la vida religiosa dela villa pesquera. Su situación dentro del trazado urbano era completamente excéntrica, al igual que la de otra iglesia de la Villa: la de Santa Eufemia. Será esta misma localización tan expuesta a las inclemencias del mar lo que acelera su ruina y la última decisión del pueblo de abandonar los proyectos de reforma y construirla de nueva planta en una zona más resguardada. Ya desde comienzos del siglo XVII fue evidente el imparable estado de ruina que amenazaba la iglesia de la Atalaya. Las obras de reparación fueron constantes, pero para las últimas décadas del siglo XVIII la ruina era ya total.
La iglesia de Santa María de la Atalaya era de estilo gótico y estaba construida en piedra arenisca. Según las descripciones que se conservan, esta iglesia debió ser una de las construcciones religiosas más fastuosas y de mayor envergadura de todo el Señorío de Bizkaia. Contaba con un crucero mayor y numerosas capillas, capillitas y sacristías, así como cantidad de sepulturas embutidas en sus muros. Tenía dos torres de campanas con escaleras de caracol; a ello hay que añadir multitud de tribunas continuas formadas en la masa de las paredes maestras, componiendo un pasadizo que se continuaba por la circunferencia interior de toda la iglesia, con un antepecho calado de piedra labrada y cubierto de arcos embutidos en las propias paredes maestras. Los accesos eran cuatro, orientados a los puntos cardinales, siendo el acceso principal el abierto al Sur. Este acceso contaba con un magnífico pórtico.
Las referencias documentales arrojan más detalles sobre las características constructivas y el mobiliario con el que contaba la iglesia de la Atalaya. Las primeras noticias se remontan a 1608 y nos ilustran sobre el estado de deterioro que comenzaba a padecer la construcción. En esta fecha se realizan labores de contención de los muros, estos trabajos de reparación los llevaban a cabo los canteros Domingo de Uria y Lope Martín de Hormaechea, quienes trabajaban en la iglesia desde 1605. En 1631 el Maestro Arquitecto Martín Ibáñez de Zalbidea hizo una nueva Sacristía, obra que se completó en 1660 con la colocación de vidrieras para las ventanas con barras hechas por Bernardo Labueria Cara, de Baiona, y revocadas por Pedro de Ybay. Unos años antes de finalizarse esta obra, en 1649 se procedió a retirar la pila bautismal vieja de la Atalaya. También durante el transcurso de esta reparación debieron eliminarse algunas capillas sin que nos quede claro si fue bien por falta de espacio para los feligreses. Concretamente se elimina la capilla de San Telmo a fin de colocar bancos.
Ya en el siglo XVIII, se hallan numerosas referencias al robo de dos lámparas de plata existentes en la Iglesia. Esas lámparas habían sido donadas respectivamente por el Capitán Francisco de Lastarria y por Domingo de Goitia; eran de plata mejicana y se hallaban ubicadas en el altar mayor y en la capilla de San Juan. El robo aconteció en 1741 y junto con las lámparas se robaron cuatro doblones de a ocho de origen también americano. Los autores del robo fueron detenidos sin que se hallasen las lámparas, supuestamente hechas lingotes y vendidas antes de la detención de los sospechosos. A través de esa documentación también sabemos de la existencia de una Capilla de San Pedro, de cuyas misas y reparos era responsable de la Cofradía de Pescadores, siendo en la Atalaya donde guardaban el Arca del Archivo de la Cofradía y de donde también se había robado dinero. Otra de las capillas de Santa María de la Atalaya era la dedicada a Nuestra Señora de Guadalupe, fundada probablemente por bermeanos venidos de América.
En esta década de los cuarenta del siglo XVIII se estaban llevando a cabo numerosas obras en la iglesia: en 1744 se le encarga al pintor Manuel de Villalón la pintura y dorado del colateral y las urnas de San José, así como otras obras. En 1747 se reparan las vidrieras y, en 1751, Don Juan Antonio de Bega realiza un reconocimiento de las bóvedas de las iglesias. No será hasta finales de los 50 y comienzos de los 60 cuando se afronten nuevas obras. Así, en 1759 Ramón Villalón realizará la pintura de la capilla del Santo Cristo. En 1762 se llevará a cabo la obra de la capilla de la Vera de Cruz. Entre los años 1763-64 el Maestro de Obras de Juan de Guesala construye la torre nueva de la Atalaya, haciéndose también campana nueva, obra de Diego de Suano, Maestro Campanero. Las obras se completan en 1769 con la construcción de una sillería de hierro y enrejado para el presbiterio de la Atalaya, cuyo autor es el Maestro Herrero Francisco de Chopitea.
Pese a esta cantidad de reparaciones efectuadas, en 1770 se reconocen las bóvedas hallándolas en completa ruina. En 1772 se procede a desmontar el órgano. Ante esta situación se pide un informe para la reconstrucción de la Iglesia de Santa María al arquitecto Gabriel de Capelastegui, informe que presenta el 15 de setiembre de 1773. Sin embargo éste no será más que el primer paso en las complicadas gestiones de derribo de la Iglesia de la Atalaya y la construcción de la nueva iglesia de Santa María de la Asunción. Así, en 1776, y tras el derrumbamiento de las bóvedas de la iglesia y visto el deterioro continuo, el cabildo solicita un nuevo informe al perito Fray José de San Juan de la Cruz. Se harán nuevos peritajes en los que se terminará por proponer nuevas localizaciones para la nueva iglesia, siendo aceptada la sugestión de ubicarla en el solar de la casa de Baños, sita cerca del Ayuntamiento.
En 1782 comenzaron las labores de derribo de la Iglesia de la Atalaya: el 23 de abril de ese año empezaron por demoler la torre de la iglesia siendo comisionados por la Villa Don Joaquín de Urioste y Don Manuel de Aurrecoechea. La obra de derribo finalizó en julio de 1783, cerrándose la iglesia y trasladándose todas las funciones parroquiales a Santa Eufemia el día 16 de febrero de 1784.
Capilla de San Pedro
Especial atención merece la capilla de San Pedro ubicada en esta iglesia de la Atalaya. A través de los Libros de Cuentas de la Cofradía de Mareantes de San Pedro de Bermeo sabemos que en los siglos XVII-XVIII los Cofrades solían reunirse en esta capilla y guardar los libros y capitales pertenecientes al grupo en un caja en la sacristía de la iglesia de Santa María de la Atalaya. En estos mismos Libros de Cuentas encontramos referencias a las distintas obras acometidas en esta capilla. Así, en el inventario de bienes realizado por Martín de Escoiquiz, Mayordomo de la Cofradía de Mareantes de 1615, se pueden ver las calidades y elementos con que se adorna la figura de San Pedro: una mitra de plata con su cruz y unas llaves del mismo metal, piezas distintivas del santo pescador; guardándose en el altar de la capilla un incensario con su naveta de plata, un cáliz “(...) en parte dorado de plata con su patena (...)”, así como diversas telas para vestir la imagen. Al año siguiente se repara la puerta del retablo de San Pedro y el platero Domingo de Guecho adereza las llaves, corona y la cruz de la imagen de San Pedro. Desde esa fecha hasta la década de los treinta los pleitos y los conflictos armados paralizan los efectivos de la Cofradía y no será hasta 1632 cuando de nuevo hallemos referencias a obras en la capilla. En 1631 había dado comienzo la obra de la nueva sacristía, por lo cual la Cofradía pasó a reunirse para dación de cuentas en las casas de los respectivos mayordomos. Coincidiendo en estas obra de Domingo de Guecho repara la cruz de plata de San Pedro y se colocan cuatro lámparas de vidrio en la capilla. Todos estos arreglos nos dan una idea del estado de deterioro que, al igual que a todo el edifico, afectaba a dicha capilla. En 1643 se da comienzo a otra obra de reparación instalándose una lámpara nueva en el altar de 1646.
El viejo retablo y el altar terminarán por ser sustituidos en 1661. El escultor Juan Martínez de Bolialdea será el encargado de realizar el nuevo retablo, obra que realizará entre 1659 y 1661. El retablo se instalará en el altar levantado en piedra sillar por el maestro cantero Juan Pérez de Çaballa.
Las noticias posteriores, ya en el siglo XVIII, aluden a bendiciones de los ornatos del Santo y pequeñas reparaciones.
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