Son realmente muy pocas las referencias escritas que sobre la iglesia parroquial de San Juan de Gernika se puede hallar, tal vez porque incluso en la bibliografía más contemporánea, ha sido poco estudiada. Iglesia parroquial unida a la de Santa María, en ella se celebraban todo tipo de actos parroquiales, misas exequias y demás, pero sin embargo, los libros sacramentarios se llevaban al archivo de Santa María, por lo que la documentación fue pasto de las llamas y de la destrucción en el bombardeo de 1937. Esta iglesia corrió peor suerte, ya que no fue reconstruida.
Comenzada a construir en 1463 por iniciativa de los vecinos de las calles Artekale y Barrenkale, para evitar confrontaciones entre el bando oñacino y gamboíno era, según Iturriza, “de una sola nave de ciento doce pies de longitud y cuarenta de latitud, con varios altares, hermosas capillas, setenta sepulturas y dos tumbas, soportal y torre de frente fabricada al año 1785”. En 1907 se derribó la antigua iglesia, y en 1909 se acometieron las obras de reconstrucción que quedaron inauguradas un año más tarde, el 26 de noviembre de 1910. Las obras de la iglesia se realizaron según los planos de Luis Landecho, a expensas del sacerdote Goiria, con bienes familiares provenientes de América.
En un emplazamiento inmejorable se ubicaba en medio del casco urbano, por un lado, y junto a la Plaza de San Juan, al otro lado, por que con enormes castaños, quiosco de música y plaza muy frecuentada por los vecinos. La iglesia, con planta de cruz, tenía una imagen de San Juan Bautista en su altar mayor, y una Virgen del Socorro, venerada en uno de los altares laterales. Eran numerosos los devotos que a esta iglesia acudían, principalmente mujeres que dedicaban interminables rosarios. En el interior del pórtico, centrado sobre la puerta, debió haber un nicho con un crucifijo y una serie de inscripciones a su alrededor.
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