La ermita de San Juan de Gaztelugatxe se encuentra encaramada en la cima de un islote sobre el Cantábrico unido a tierra por un puente de dos arcos de medio punto. Según relatos populares, el lugar fue visitado por el propio San Juan el Bautista, quién desembarcando en el puerto de Bermeo y dando tres pasos gigantescos, llegó a la ermita dejando sus huellas en distintos puntos del camino: en el Arco de San Juan en Bermeo, junto al caserío Itsasalde de Arane, en el alto de Burgoa, y en el último escalón de acceso a la ermita. (más http://www.urdaibai.org/es/kondairak.php)
Ésta es en la actualidad un edificio de planta rectangular con ábside poligonal, muros de mampostería reforzados con contrafuertes, cubierta a dos aguas salvo en la cabecera, más compleja, y pórtico en el lado meridional. A los pies se levanta una espadaña de sillería con un solo vano para la campana, coronada por una cruz. Bajo ésta se localiza un relieve de san Juan Degollado enmarcado en un semicírculo dentado, y más abajo el acceso principal. En el interior se custodian las imágenes de san Juan, san Pedro, san Pablo, san Antonio, santa María y la Virgen del Carmen. Pero lo que más llama la atención por su profundo arraigo en la devoción popular son los cuadros representado embarcaciones a punto de naufragar y las maquetas de barcos colgados a modo de exvotos, muestra del agradecimiento de los fieles que acudieron a buscar la protección del santo. (más http://www.urdaibai.org/es/etnografia/mitologia.php)
El origen de estas tradiciones nos es desconocido, como lo es también el de la ermita. El edificio actual responde a una reforma del año 1886, que incluso cambió su orientación ya que el prebisterio fue colocado al Oeste; pero en el transcurso de las obras se descubrieron también algunos materiales que nos permiten vislumbrar su pasado que, sin duda, podrá ser mejor conocido de efectuar una investigación arqueológica. Así, se hallaron varias monedas, una de ellas acuñada en tiempos de Fernando III (1217-1252) y algunos sepulcros monolíticos de piedra con cubierta prismática, similares a los de Argiñeta en Elorrio, que deben datarse entre los siglos IX y XII.
La ubicación de un cementerio en un paraje de tan difícil acceso y alejado de los núcleos habitados, se explica por construir, junto a la iglesia primitiva, un importante referente organizador de la vida económica y religiosa de la población del entorno en los primeros tiempos medievales. Incluso con posterioridad, aún después de que el templo quedara reducido a ermita dependiente de la parroquia de San Pelayo de Bakio, continuó siendo un lugar de referencia y en este sentido todavía hoy acuden en peregrinación por antiguos caminos ya abandonados los vecinos de Arrieta, Meñaka, Bakio y Bermeo; anteiglesias y villas que se dispersan por las laderas del monte Sollube.
En la Edad Media la iglesia del peñón tuvo tanta importancia que suscitó el interés del lejano Monasterio de San Juan de la Peña de Aragón, de forma que en 1053 sus propietarios Íñigo López, conde de Bizkaia, y su mujer Toda, la cedieron al monje Zianno, con la condición de que a su muerte fuera entregada a la abadía aragonesa; pero no sabemos si el mandato condal se cumplió, ya que un siglo más tarde, en 1162, de nuevo estaba en poder de un descendiente del antiguo conde: Lope Díaz de Haro I, quien la donó a la orden premonstratense de Santa María de la Vid. Desde comienzos del siglo XV hasta 1612 fue, unida a la cercana Iglesia de San Pelayo de Bakio, de patronato Real delegado, siendo la familia Abendaño, la beneficiaria de los diezmos.
Junto a su cometido religioso, ocasionalmente, desmpeñó funciones de fortaleza, como su nombre indica. En 1334 constituyó uno de los bastiones de donde algunos jauntxos partidarios del señor de Bizkaia, don Juan Nuñez de Lara, se opusieron a la entrada en el territorio del monarca castellano Alfonso XI. No fue éste el único ataque que padeció la ermita: en 1596 fue asaltada por la flota del pirata Drake y en 1782 por los corsarios ingleses.
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