La ermita de San Pedro Apóstol está emplazada en la cumbre del monte Atxerre. Desde aquí, se ofrece una vista espléndida a la ría de Urdaibai.
Es un edificio de planta rectangular (11,87 x 9,67 m). La cabecera es recta. De una nave, con muros de mampostería. Cubierta a dos aguas y se apoya sobre tres cerchas. Presenta campanil de piedra, con campana. Tiene puerta al S protegida y dos ventanas en el lado de la Epístola, protegidas con celosías de hierro. En el lado N, hay dos vanos pequeños en forma de aspilleras. El pavimento es de baldosa de tierra cocida. Tiene pórtico al lado de la Epístola. En el muro del lado N, había una mesa corrida de piedra, con asiento del mismo material que cubre la casi totalidad del muro. En la puerta de madera, pintado en letras azules SAN / PEDRO. Hay una pequeña abertura para depositar limosnas.
En el interior, hay un altar de piedra e imágenes de santos y de una santa. En el lado oeste, hay ex-votos marineros.
Delante de la ermita y sobre un peñasco, antes había una inscripción en placa de cemento que rezaba: ERMITA DE / SAN PEDRO ACHERRE / SIGLO XV / Altitud 310 m / VI-MCMLXVI.
Actualmente, tallado en un bloque de caliza se observa la siguiente inscripción: ATXERREKO SAN PEDRO BASELIZA / BIZKAIKO FORU ALDUNDIAK 1994.EAN BARRIZTATUA / 1994. EKO EKAINAREN 28AN. Al lado lleva el escudo de la Diptación Foral de Bizkaia.
Se conserva en buenas condiciones. La última reconstrucción se realizó el año 1994.
Antiguamente se le menciona como San Pedro de Aguirre.
Según una lápida moderna fue fundada en el siglo XV.
En la visita de 1793, se menciona que la fábrica está decente, con algunas goteras, pero se recrimina que el altar principal sólo tiene mantel, sin crucifijo y que el de San Gregorio no tiene ambos.
En la visita de 1829 se recuerda componer la tabla que cubre el altar de San Gregorio y el nicho donde está la efigie de San Pedro, y pintarla.
Fue reconstruida en 1945-46 gracias a Juan de Irigoyen. Se nombró una junta encargada de la reconstrucción. Esta se llevó a cabo mediante donativos y al colaboración de individuos llevando transporte de arena, agua y realizando trabajos de peonaje.
En 1952 es necesario otro arreglo, haciéndose una suscripción que llegó a 900 pesetas.
Tuvo en su tiempo una casa para ermitaño. La existencia de ermitaños está demostrado en 1616; el 27 de noviembre de ese año existe una carta de pago de las freílas de la ermita de San Pedro de Aguirre, María San Juan de Zobaran y María de Canala. Según esta carta de pago, habían gastado en los últimos dieciséis años en dicha ermita, 40 reales en la pintura que hizo Pedro López de Aguirre, y 72 reales en los escultores Diego de Canosa y Rodry Muniategui, escultor vecino de Gautegiz Arteaga, en una figura de bulto de San Gregorio. Además de 8 reales de gastos en teja y 2 ducados en la lámpara.
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