Esta iglesia se ubica en el barrio de Almika, barrio rural y agrícola que domina desde la colina por la que se extiende la Villa pesquera de Bermeo. La primera referencia que tenemos de Almika es del siglo XI, concretamente de 1093, año en el que Doña Tecla donó al monasterio de San Millán de la Cogolla la iglesia monasterial de Almika con todos sus pertenecidos. Con posterioridad, a mediados del siglo XV, Don Tello y Doña Juana, Señores de Bizkaia, donaron esta parroquia al convento de San Francisco de la Villa, del que eran fundadores.
Son numerosos los estudios en los que se diserta sobre el origen lingüístico del topónimo Albóniga (que con el tiempo ha derivado en Almika) y la antigüedad de su poblamiento. Según la opinión más extendida este topónimo, al igual que en otos muchos casos, tiene como base un patrónimo latino, al que se le ha añadido la terminación –ka. Anton Erkoreka propone un posible origen romano del topónimo relacionándolo con el hallazgo de una moneda romana en las dependencias de la iglesia de Santa María y el paso por las cercanías del citado templo del Camino Antiguo Bilbao-Bermeo.
Fuera cual fuese el momento de ocupación poblacional de este barrio y del propio templo, de la antigua fábrica del mismo (siglo XI) no han quedado restos, ya que sufrió un incendio en 1565. La iglesia quedó reducida a cenizas, conservándose solamente algunos accesos y medallones. La actual iglesia de Santa María de Almika es de estilo renacentista, de una sola nave de seis tramos y cabecera recta. Posee dos accesos de estilo renacentista de considerable valor. Uno de los accesos se abre a los pies de la iglesia y es en falso dintel adovelado con dos medallones; el segundo, en el Evangelio, se abre en arco de medio punto con guardapolvo.
La iglesia sufrió varias reconstrucciones fechándose la primera en 1647. La fábrica actual es de 1892-1901, según los planos de Gregorio de Arriola.
Por lo que respecta a su mobiliario destaca una Andra Mari con Niño en brazos fechada por Lizarralde en el siglo XVI, de estilo gótico. La imagen fue restaurada en dos ocasiones, en 1657 y en 1706.
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