La costa de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai se clasifica como costa primaria de inmersión o de hundimiento. En ella el mar penetra en los valles fluviales erosionándolos y convirtiéndolos en estuarios. La forma abrupta de la costa se debe a la heterogeneidad de sus materiales, que dan lugar a resaltes (calizas de Ogoño, areniscas de Matxitxako), relieves aislados (Izaro, Hotzarri…), cuevas y arcos, cuando son difíciles de erosionar, o bahías, si se trata de materiales blandos. La plataforma continental tiene en general pendientes muy acusadas superiores al 10%, y al igual que el resto de la Costa Vasca la plataforma es muy estrecha. Frente al cabo Matxitxako la isobata de 200 metros se halla a menos de 7 km de la costa.
El cabo Matxitxako está constituido por estratos de areniscas de edad Cretácica que buzan al Noroeste. Es la zona más septentrional de la Reserva de la Biosfera de Urdaibai. Este saliente protege el estuario y la propia isla de Izaro, atenuando las corrientes que discurren paralelas a la costa en sentido Este.
El mar produce fuertes acantilados al golpear incesantemente la base de las areniscas haciendo que, muy poco a poco, el cabo se desmiembre en fragmentos de roca que caerán sobre la base del acantilado. Posteriormente, estos bloques se romperán en trozos más pequeños, debido al continuo batido de las olas, creando sedimentos del tamaño de las partículas de arena, que serán transportados por la corriente litoral hacia la playa de Laida. Este proceso hace que se cree en la base del acantilado una superficie, más o menos plana, con sustrato rocoso: la rasa mareal, donde se desarrollan diversos ecosistemas típicos de los sustratos duros.
Se sitúa a la bocana del estuario, a unos 2 km del puerto de Mundaka y a unos 3 del de Bermeo. Está orientada hacia el Nordeste, separada de la costa por un estrecho canal de fondo arenoso y unos cuantos islotes como el de Hotzarri o Potorro-harri. Hubo un tiempo en el que la isla estaba unida al continente por lo que hoy constituye el Cabo de Antzora. Debido a la continuada acción erosiva de la mar, este cabo fue erosionándose lateralmente, hasta convertir su punta en un islote de casi 4 hectáreas de superficie.
Los materiales que constituyen la isla son de tipo “flysch” (abanicos deltaicos que se precipitaron desde el talud marino a los fondos pelágicos en el Cretácico inferior, “Aptiense”, cuando el nivel marino estaba bastante más alto que el actual). El punto más alto de Izaro tiene 50 metros de altura y cerca de él aparece la antigua ermita de la Magdalena. La isla está rodeada de acantilados creados por la impasible batida de las olas, que dan lugar a cuevas y entrantes de sustrato rocoso; es una zona de gran energía que cobija a infinidad de especies.
El macizo de Ogoño se sitúa en el límite Este del litoral de la Reserva de la Biosfera; es una pared de 200 metros de altura que penetra en el mar hasta los 20 metros de profundidad. Este paquete calizo pertenece al sistema de arrecifes constituidos principalmente por bivalvos rudistas, braquiópodos, equinodermos, etc., que se desarrolló en el Cretácico inferior (Aptiense, Albiense), cuando la temperatura era más elevada, parecida a la del Caribe actual. Es conocido como el Complejo Urgoniano. La batida de las olas también incide de forma notable sobre el macizo calizo creando varios entrantes, cuevas y sifones en su parte inferior.
Existe una relación directa entre la profundidad y el tamaño medio del grano de los sedimentos. Éste disminuye a medida que nos alejamos de la costa. Al Norte de la playa de Laga, sobre batimetrías de unos 50 metros, hay depósitos de material bioclástico (restos de bivalvos, equinodermos, gasterópodos,…) de tamaño de arena gruesa. Estos elementos tienen poco peso y un volumen relativamente grande, lo que los hace fácilmente transportables hasta zonas de relativa calma.
En las áreas cercanas a la costa predomina la arena fina, por debajo de los 25 metros de profundidad. Después de los 40 metros aparecen limos gruesos, y medios a partir de los 60 metros. Al Norte de Izaro se encuentran sedimentos de tamaño de grano más fino sobre fondos de 45 metros de profundidad. Esto es debido a que la isla actúa como barrera frente las corrientes que transportaban dichos sedimentos.
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