Los grupos que conforman la Federación son autónomos por lo que pueden llevar cabo actividades fuera de lo que es la propia Federación.
Pero a su vez, los temas que son de incumbencia de la Federación se deciden, se debaten y se organizan en reuniones más o menos mensuales en las que participan personas ligadas o no a los grupos que conforman dicha Federación, pero que coinciden con los objetivos de Urdaibaiko Galtzagorriak. Así mismo, se intenta aplicar, al máximo, el concepto asambleario como concepción de funcionamiento para el grupo.
En estos momentos, la Federación está agrupada en comisiones que trabajan distintos campos como pueden ser el de la Arqueología, agrodiversidad, uso sostenible del bosque, etnografía, divulgación de la Federación, naturalismo y la colección de libros Urdaibai Indómito.
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