El dominio del Mar Cantábrico se deja sentir con dureza a lo largo de la estrecha franja de territorio que denominamos litoral. Los diversos hábitats que lo integran están sometidos a unas peculiares condiciones de vida. El salitre, el viento y el oleaje son los factores dominantes. Su acción conjunta deja una huella peculiar sobre el medio físico que impide la supervivencia a la mayoría de los seres vivos. Tan solo algunos provistos de adaptaciones especiales logran prosperar bajo su acción.
Obligadas por la impronta marina, las comunidades vegetales presentan una disposición característica en los hábitats costeros ordenadas según su grado de resistencia a la salinidad, la desecación y la abrasión, se disponen en bandas paralelas al nivel de marea. Cuánto más cerca sienten la huella del mar, la diversidad y la cobertura vegetales disminuyen.
En el litoral de Urdaibai se suceden tres tipos de hábitats peculiares que tienen en común el ser gobernados por el Cantábrico. Destaca primero la estrecha franja de acantilados donde el océano colisiona con tierra firme. Por otro lado, en las calas y remansos costeros se acumulan grandes cantidades de arena formando playas y dunas que tiñen de dorado el litoral. Finalmente los ríos horadan la costa abriendo amplios lechos por donde entra el mar formando el estuario. En los tres casos se reproduce un proceso natural de colonización por etapas según el cual, conforme el suelo se enriquece, estabiliza y se hace menos salino, la flora se diversifica, apareciendo nuevas especies menos especializadas. Para la fauna, el grado de habitabilidad de estos ambientes es muy distinto según de cuál se trate, y como se verá más adelante, la diversidad animal varía drásticamente de uno a otro. Pero en general, en la zona de marea, proliferan invertebrados y peces bajo la protección de las aguas, mientras al aire libre son escasos los animales capaces de sobrevivir. Ahí es donde las aves destacan por su capacidad para beneficiarse de los cuantiosos recursos de un medio hostil, aportando una valiosa diversidad litoral.
Urdaibai constituye un importante refugio para las aves acuáticas migratorias, tanto en invernada como en sus escalas temporales durante las migraciones. Como reconocimiento a la importancia del estuario, éste fue declarado zona ZEPA (Zona de Especial Protección para las Aves), Área RAMSAR (el acuerdo internacional más importante de protección de humedales) y Área de Especial Protección por ley aprobada en el Parlamento Vasco (Ley 5/1989). Además, esta declarado Lugar de Interés Comunitario (LIC) por formar parte de la Red Europea de Espacios Naturales Protegidos NATURA 2000. En la actualidad en proceso de declaración de Zona de Especial Conservación (ZEC).
Dentro del ecosistema del litoral podemos encontrar los siguientes hábitats:
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